Fundación y amateurismo
En 1926 ingresa a la Liga de fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de dos años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior por sugerencia de Aurelio Roa (jugador histórico del Club), quien había visto al Boca Juniors de Argentina en una gira por Europa en 1925; quedado maravillado por aquel equipo comandado por Domingo Tarasconi y afirmaba que el ahora Junior poseía la mística del Boca de ese tiempo. Continuó con el nombre deJuventud Junior hasta 1936, en adelante simplemente se le conocerá como Junior.El Junior fue fundado en 1924 en el barrio Rebolo de Barranquilla. Su historia se divide en dos períodos: la época amateur hasta 1947 y la profesional desde 1948.
En la primera mitad de la década de 1940 encontramos un Junior posicionado como el mejor club de fútbol en Colombia, representando internacionalmente al país. Entre otros logros deportivos relevantes de este periodo se encuentran el campeonato de primera categoría en 1932, así como el tránsito de las huestes rojiblancas al fútbol extranjero de Roberto Meléndez el primer jugador de Colombia en lograr ese objetivo y en darle reconocimiento internacional al club.
Profesionalismo y títulos nacionales
En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe. En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.
En 1953 terminan 10.º del campeonato, con 15 puntos. También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.6
Juan Ramón Verón, artífice del primer título profesional en 1977.
Campeonato Colombiano
1977 - 1º Título
En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo Solari y Alfredo "El Maestrico" Arango. Vuelve el defensa Jesús "El Toto" Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtenía su primer campeonato nacional y su segunda Copa Libertadores. Al final de la temporada se van del equipo los argentinos Eduardo Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos Delménico.
Campeonato Colombiano
1980 - 2º Título
En 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.8
Campeonato Colombiano
1993 - 3º Título
En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel "Niche" Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia:9 Carlos "El Pibe" Valderrama. En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el Independiente Medellín). Miguel Ángel "El Niche" Guerrero queda goleador con 34 goles.10 Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano.
En 1994 llega el delantero chileno Cristian Montesinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto aIndependiente Medellín, Olimpia de Paraguay y Cerro Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los Octavos de Final se enfrenta con Colo-Colo de Chile, terminando en un resultado global 3-3. En los penaltis, Junior ganó 4-3. En los Cuartos de Final, Junior se enfrentó aIndependiente Medellín ganando 2-0. En las Semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sársfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global termina 3-3. Al final, en los penaltis, Junior fue vencido 5-4 quedando eliminado del torneo.
Campeonato Colombiano
1995 - 4º Título
En 1995 queda campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.11
Torneo Finalización
2004-II - 5º Título
En el Torneo Finalización 2004, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta aAtlético Nacional. En el partido de Barranquilla, Junior vence 3-0. En el partido de Medellín, Nacional vence a Junior 5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación a Copa Libertadores.12 También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte deAndrés Escobar.
Torneo Apertura
2010-I - 6º Título
En el Torneo Apertura 2010 termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la semifinal venció a Medellín. En la final enfrentó aEquidad venciéndolo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad.
Torneo Finalización
2011-II - 7º Título
Para el Torneo Finalización 2011 se cambia nuevamente de presidente, siendo Antonio Char el sucesor de Arturo Char. Junior contrata a Cristian Mejíacomo principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo sería José Eugenio "Cheché" Hernández recomendado por el mismo Pinto. El equipo termina 1° en el todos contra todos por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires. En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a un juez de línea. Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentaría a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizalesdefiniendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logra el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).
